La alarma se retiró a las 19.40 hora local (10.40 GMT) tras casi una hora y media en vigor y después de que en lugares de la provincia de Aomori y la isla de Hokkaido se detectara una subida de las aguas de hasta 10 centímetros, según el organismo.
En otros puntos del litoral afectado la subida de las aguas fue "muy leve", añadió la Agencia Meteorológica.
El terremoto que desató la alerta de tsunami tuvo lugar a las 18.09 hora local (09.09 GMT) con epicentro en el Océano Pacífico a unos 210 kilómetros de las costas de la isla norteña de Hokkaido y a unos 10 kilómetros de profundidad.
El temblor se sintió en 19 provincias del centro y norte de Japón, entre ellas las norteñas Hokkaido, Aomori e Iwate, donde alcanzó hasta 4 grados en la escala japonesa cerrada de 7, que se centra más en las zonas afectadas que en la intensidad.
A ese terremoto le han seguido casi dos horas después varias réplicas en la costa noreste del país, con epicentro en la misma zona del pacífico y una intensidad de entre 4,6 y 5,9 grados en la escala abierta de Richter, sin que en ningún caso se haya informado de daños.
El último seísmo con alerta de tsunami en Japón se produce poco más de un año después del devastador tsunami que azotó el noreste del archipiélago y se llevó por delante más de 19.000 vidas, además de abrir en Fukushima la peor crisis nuclear desde la de Chernóbil.
En esta provincia, donde todavía se lucha para mantener estabilizada la maltrecha planta de Daiichi, el terremoto de hoy se sintió con una intensidad de 2 grados en la escala japonesa.
Minutos después de producirse el sismo la Agencia de Seguridad Nuclear de Japón lanzó una revisión en las plantas atómicas de la zona, todas ellas paralizadas por seguridad a raíz de la catástrofe en la de Fukushima, sin que se haya informado de anomalías.
Según la televisión local NHK tampoco se han detectado irregularidades en el centro de reciclaje de residuos nucleares de Aomori.
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